民国初山阳县更名为淮安县（今淮安区），清河县更名为淮阴县（今淮安市），市境大部始属淮扬道，后属淮阴行政督察区。境内漕、盐、河、榷之利皆失，进一步衰微。而长年战乱又给刚刚兴起的近代交通运输业和工矿业以沉重打击。中国共产党组织于1927年成立。抗日战争和解放战争时期，境内成为重要的根据地和解放区，中共中央华中局、新四军军部、中共中央华中分局、华中军区、苏皖边区政府等都曾驻节境内，刘少奇、陈毅、黄克诚、彭雪枫、邓子恢、罗炳辉、李一氓等老一辈无产阶级革命家和人民军队高级将领都曾在此战斗过。淮安人民为中华民族的独立和解放建立了巨大功勋。1948年12月，市境全部解放。1949年5月，成立淮阴专区。