1946年1月31日，以张发奎为司令长官的第二方面军司令部奉令结束；次日，军事委员会委员长广州行营正式成立，张发奎任行营主任。2月13日，广州行营发布逮捕战犯第一号公告，组织广州审判战犯军事法庭审讯相关战犯。广州审判战犯军事法庭属行营机构。