渊源
东吴大学的渊源可以追溯到监理会在苏州和上海开办的几所学校。1871年，美国基督教监理会（监理会于1939年与美以美会合并改名为卫理公会）在苏州十全街设立存养书院，1879年迁至天赐庄，并改名博习书院（The Buffington Institute）。后并入上海中西书院（the Anglo-Chinese College，1882年创办）。
东吴大学实际上是在苏州的宫巷中西书院的基础上发展而成的。1895年，中国在甲午战争中惨败，激发了年轻人学习西方知识的热情。1896年，苏州监理会宫巷教堂牧师孙乐文（D.L.Anderson）为回应一群年轻的中国学者学习英语的要求，在苏州开办了宫巷中西书院（Kung Hang School），第一批学生有25人。到1898年11月，学生已超过100人。
1899年，监理会决定在苏州开办一所大学。1900年12月该校董事会在上海组成，孙乐文被选举为新大学的首任校长。新大学取名为东吴大学堂，当时成立文理，医和神学三科，辛亥革命后改称东吴大学。1901年6月24日，在美国田纳西州以“Central University in China”名称注册。
1901年3月，宫巷中西书院迁入天赐庄博习书院旧址，东吴大学堂正式开学，成为美国基督教在中国建立的早期教会大学之一。开办之初，只设中学班，学生不足百人。到1905年开始招收12名大学生。该校西学课程大体仿效美国大学，国学则自作安排，分设有文理，医和神学三科和附中数所（分别位于苏州、上海和湖州）。
1904年东吴大学增设医科。
1907年东吴大学首次授予毕业生学士学位（中国第一个文学士学位（沈伯甫））。
1908年东吴大学在美国田纳西州注册名称改为“Soochow University”。
1909年东吴大学颁授三个医学士学位，后未继续（1912年医科撤销）。
1910年东吴大学增设神学科。
1911年3月，孙乐文去世，校董会选举同一宗派的上海中西书院的校长葛赉恩（J.W.Cline）为东吴大学的新校长。这一任命也就使上海中西书院与东吴大学合并组成了东吴大学的文理科。当时大学生人数为50名左右。
1912年东吴大学颁授第一个神学学士学位（同年神学科撤销）。
1915年东吴大学于上海昆山路中西书院原址设立法科。颁授第一个理学士学位。
1917年东吴大学颁授中国第一个硕士学位（徐景韩）。
1918年东吴大学颁授第一个法学士学位。
1927年文理科、法科分别更名为文理学院及法律学院。
1928年东吴大学开始招收女生。颁授第一个法学硕士学位（金兰孙）。
1929年文理学院分为文学院及理学院。自此东吴大学设有文、理、法三个学院。文学院及理学院在苏州，法学院在上海昆山路。
院系调整 1952年，在中国教育部和苏南行署教育处领导下，实施院系调整，苏南文化教育学院由无锡迁到苏州，东吴大学文理学院及江南大学数理系被并入此校，改名为苏南师范学院，同年冬定名为江苏师范学院，在原东吴大学校址办学。东吴大学在上海的法学院于院系调整中撤销，法律系师生转入华东政法学院，会计系并往上海财经学院。创校52年历史的东吴大学走入历史。
1982年6月，江苏师范学院经中国国务院批准改办为苏州大学(Suzhou University)，成为江苏省属第一所综合性大学。经教育部和江苏省政府批准，苏州蚕桑专科学校、苏州丝绸工学院、苏州医学院先后于1995年、1997年、2000年并入苏州大学。苏州大学于2000年隆重举行100周年校庆活动，并拟使用东吴大学校名，后遭到原东吴大学大部分校友和教育部反对而未成功。
在台复校
1949年国民党政府迁至台湾，部分教职员、校友随居台湾。1951年东吴大学旅台同学会推动在台湾重建东吴大学，但因为法令限制，便先在台北市汉口街借屋设立的东吴补习学校，暂以台北市汉口街为校址，当时设法政、商业会计及英文3科，另设比较法律1科，限大学肄业两年者报考。1954年7月因办校成效显著，教育部核准成立为东吴大学法学院，设法律、政治、经济、会计4系并附设外文系，成为台湾第一所私立大学校院。1958年3月迁入位于台北近郊的外双溪之新校址。1969年奉准恢复完全大学建制，随后逐步增设各学系与学院，现已成为包括文学、理学、法学、商学、外语学院等5个学院22个系之综合大学。目前东吴大学除外双溪校区之外，尚在台北市贵阳街设有城中校区。经过几十年的耕耘，如今东吴大学已成为台湾著名的综合性大学，其法律系更是闻名遐迩，被认为是台湾最好的法学院之一。有趣的是，东吴大学的英文名称就叫“Soochow University”（苏州大学），它与大陆江苏苏州大学也常有交流。
1951年东吴大学 (苏州)旅台同学会推动在台复校，但因为法令限制，先设立东吴补习学校，设法政、商业、会计及英文四科，暂以台北市汉口街为校址。
1954年7月，教育部以东吴补习学校办学绩效卓著，核准先行成立东吴大学恢复法学院，设法律、政治、经济、会计四系并附设外国语文学系，为台湾第一间拥有私立大学建制的学院，也是第一个设立会计系的大学。
1957年购得士林外双溪土地七甲加上士林镇公所赠与之土地共十五甲，由石超庸校友接任院长，积极推动建校事宜。
1958年3月开始迁入位于台北市郊外双溪之新校址。
1969年奉准恢复完全大学建制，随后逐步增设各学系与学院。
2000年东吴大学与同源的苏州大学同庆建校一百年。
2004年由前行政院副院长刘兆玄接任校长，即展开多项重大校园制度及建设更新，将东吴明确定位为“一流的教学大学”，连续2年获得教育部教学卓越计划2亿多新台币，为公私立排名第一。也获得政治系校友、富兰克林证券总裁刘吉人捐赠1亿元作为人社院学生双修商学院之奖学金，这也是东吴在台复校53年来，金额最高的一笔捐款。
2008年外双溪校区第一教学研究大楼及第二教学研究大楼落成，为东吴大学带来新纪元。
2008年刘兆玄出任行政院院长后，副校长马君梅暂代校长一职。10月15日黄镇台教授接任校长。
东吴国际超级马拉松
东吴大学自1999年开办东吴国际超级马拉松24小时赛来，除2000年、2006年因故停办2次外，年年都吸引各国好手前来竞技。1999年，林义杰、江丽纹在东吴分别创下全国男子、女子第一个24小时赛的纪录－220公里、138公里（目前男子组纪录保持人为陈俊彦，纪录244公里：女子组纪录保持人为邱淑容，纪录206公里）；2002年，日籍的关家良一更在东吴创下亚洲24小时赛的新纪录－266.275公里！东吴大学举办的超级马拉松赛事，除受到全球热爱马拉松好手的重视，东吴大学配合举办的睡衣派对、志工服务，也让参与的同学、参赛者与社会大众留下深刻的印象。
2007年东吴国际超马重新复办。
东吴政治系事件
首位政治学系主任（1954-1958）张佛泉亦是与胡适，雷震共同参与《自由中国》创刊的灵魂人物。傅正则兼任《自由中国》半月刊编辑（1971-1991任教于政治系），于1956年在该刊出版“祝寿专刊”后4年，被警备总部以涉嫌叛乱逮捕。政治系自此遭情治单位长期监视。1981年，校园内出现第一份由学生出资发行的联合班刊《蓄艾》，发表他们对各种政治问题的看法，遭到校方下令停刊。隔年，政治系学生诱发行一份《东吴政治月刊》，因为刊登党外杂志《深耕》的广告，也遭撤销发行。1982年11月9日政治系学生组织的“政治系学会”，为二年级同学举办台北市议会旁听活动，当天下午正好国民党籍议员和党外议员各有一个小组进行质询，于是，该学会的学艺组就委托党外市议员谢长廷办理手续，集体前往旁听。之后情治单位，指控黄尔璇带领大批学生到议会听党外议员的质询，并且数度带领学生鼓掌。身为政治系二年级学生的导师黄尔璇，于隔年5月遭校方“解聘”。政治系遂被教育部勒令减班重创，直至1983年新任主任郭仁孚到任才逐步回复。
前校长章孝慈病逝
1992年任东吴大学校长并兼任国民大会代表的校长章孝慈，于1994年11月14日在北京进行学术访问时中风并陷入昏迷，于北京治疗数日后，以飞机经香港转送回台湾治疗。虽然他此后从未清醒，但仍获东吴大学校方保留其校长职务，直至卧病一年多后过逝，至今昔日校友仍会回忆章孝慈于任内倡导学术自由礼聘李敖任教，以及固定清晨于操场跑步的画面。
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