南通农业职业技术学院的前身系重庆国立高级农业职业学校，一九四五年二月，在战区第一劳动农场基础上筹建“国立高级农业职业学院”(简称“国立高农”) ，隶属国民党中央教育部，校部设于重庆市江北杨家花园。 一九四五年十月开始招生办学。一九四六年八月，东迁南通，租用南通市南门外松树路朱公馆及惠潮会馆 ( 今供电局内 ) 一百余间房舍作临时校舍。

一九四七年元旦，学校更名为“国立南通高级农业职业学校”。不久，迁往三里墩张氏义圆 ( 现南通师院内 ) 办学。一九四九年一月，迁往上海沪西金司徒庙和高桥。七月，回南通市三里墩校址复课。 一九四九年十月，学校改称“苏北南通农业学校”。一九五一年七月迁往南通狼山脚下办学，一九五三年十月份学校改名为“江苏省南通农业学校”。一九五八年七月，学校增挂南通农业专科学校校牌，并在如皋薛窑地区增设南通农业学校永平分校。 一九五九年南通农校和南通农业专科学校迁往如皋薛窑与永平分校合一。

一九六二年十月，学校改为南通专区农业干校，一九六五年复办江苏省南通农业学校。一九七五年四月，经江苏省革委会批准成立 " 南通地区五七农业大学 " 。 实行南通地区五七农业大学、农科所、农机站、粮棉原种场、种猪场五位一体的领导机制。一九七九年四月，学校正式恢复“江苏省南通农业学校”。 一九九0年八月，学校自如皋薛窑迁至南通市青年东路。一九九二年学校通过国家农业部合格评估，一九九八年顺利进入省部级重点中专行列，二000年首批成为国家级重点。二00三年七月经江苏省人民政府正式发文批准建立“南通农业职业技术学院”。