1927年国共破裂，国民党将中国共产党清理出了军队和黄埔军校，当时革命局势动荡，政治重心北移，黄埔旧址也就不复当年盛况了。此后倒1949年，国民党的“陆军军官学校”先后迁移南京、重庆等地，并在西安等地开设了分校，一直办到国民党逃离大陆以前，学员应该是有21期以上了。陆军军官学校仍冠以“黄埔军校”的名义，学员参加国军后也经历了历次内战外战，但已经不是原来的黄埔军校了，也不是共产党所认同的那个黄埔军校。此后的南京等地的“黄埔军校”，已经和“国民政府”、“三民主义”一样，打上了深深的“蒋记”烙印。
因此，我们在谈论黄埔军校时往往可以听到两种不同的说法，一说黄埔军校办了6期，一说某某是黄埔第10几、20几期学生，黄埔同学会会员。其实这并不矛盾。前者是说正宗老黄埔，后者实际上是说老黄埔的继承者——国民党“陆军军官学校”。其实在国民党方面看来，黄埔军校并没有在1927年解散，而是连续办到1949年。黄埔同学会也认同1927年以后陆军军官学校学员的黄埔同学资格。
抗日战争时期，黄埔军校旧址曾被炸毁，而后几经沧桑，面貌改变很大。1964年作了一次较大的修缮，基本恢复了原貌。1984年建立黄埔军校旧址纪念馆，现在军校旧址的纪念建筑有军校正门、中山纪念碑、中山故居、俱乐部、游泳池及东征烈士墓等。东征烈士墓前临珠江，气势雄伟，有“小黄花岗”之称。孙中山纪念堂，现辟为黄埔军校史料陈列室。黄埔军校旧址和校史，生动地展示了第一次国共合作时期国共两党携手共同进行反帝反军阀斗争的历史。黄埔军校旧址为全国重点文物保护单位。

少见