1938年1月由川军王瓒绪部奉令组建。下辖王缵绪兼任军长的第四十四军和许绍宗任军长的第六十七军。属第九战区指挥管辖，曾参加武汉会战的江北作战、随枣会战、第二次长沙会战。

后第二十九集团军调归第六战区指挥管辖，下辖王泽浚的第四十四军和余念慈的第六十七军。曾参加鄂西会战、常德会战等战役，第四十四军第一五○师师长许国璋在战斗中负伤后自戕殉国，暂编第五师师长彭士量也在激战中阵亡殉国，

1944年初第二十九集团军番号被撤销，王瓒绪升任第九战区副司令长官，王泽浚的第四十四军编入第九战区直属部队，第六十七军随之撤销。

1944年4 月，第二十九集团军番号调归第八战区使用，李铁军任集团军总司令，下辖其兼任军长的新编第二军和杨德亮任军长的第四十二军。1944年春，该集团军开入新疆，驻守在南疆一线，集团军总部设在迪化。