1933年5月21日，作为统制国民党“围剿”军的“国民党政府军事委员会委员长南昌行营”宣告成立，这是蒋介石准备发动对红军第五次“围剿”的总指挥机构。

5月30日，蒋介石在题为《咨行南昌行营成立暨启用关防日期由》的咨文中宣布：“本委员长在赣督剿匪共，设南昌行营，以为统一军事机关，业已正式成立。”南昌行营在成立初期，下设三部四厅和十二处。后改为三厅一部和六处，还辖有别动队和感化院，成为南京国民党政府一大军事政治机构 。这是蒋介石决意发动第五次“转动围剿”战争军事行动计划的第二步棋。
所谓“三厅”，就是办公厅、第一厅和第二厅。

1、办公厅。由江西省政府主席熊式辉兼主任，殷祖绳任副主任。其主要任务是主持行营工作，并把行营的作战计划变为江西省的“施政纲要”，以配合“围剿”军对红军的进攻。还代表蒋介石出席各种次要会议，接见由南京及各省到南昌活动的军政头目。办公厅内设文书、人事、调查、机要四课与总务处，分别主管所辖各省市文武官员的任免、进行特务活动、按月编印国民党军密电电码本及举训军事译电人员、指挥宪兵做蒋介石的警卫工作等军务。

2、第一厅，兼参谋长室工作，由参谋长贺国光兼厅长。内设两处六课，共有参谋200余人，分别主管军令、作战计划、军政、后方勤务、军械给养等事项。

3、第二厅，兼秘书长室工作，由秘书长杨永泰兼任厅长。内设两组、课，分别主管民政、教育及地方**组织、农村经济、经济封锁等事项。所谓“一部”，即政治部。主要工作是捏造事实，对红军和苏区进行造谣中伤，用来欺骗全国人民和国民党军官兵。主任贺衷寒、副主任袁守谦，同是黄埔军校第一期毕业生。当时入赣进攻红军的国民党军，共有80多个师，这些部队的政治部主任都由贺衷寒指挥节制，每月召集他们开会讨论“**”问题。

所谓“六处”，即审核处、运输处、航空处、经理处、军医处和军法处。审核处负责审核10个省政府和3个特别市政府的人事、经费，甚至伸手包揽了国民党政府修筑浙赣铁路、发展空军五年计划的审核权。运输处设有船舶、铁路、公路3个运输队和7个铁肩队。航空处负责派遣飞机袭扰红军和苏区。经理处负责转发参加“围剿”的国民党军的薪饷。军医处主管发放各军的医药卫生物品，还在南昌、南城、九江、赣州、上饶、宜黄等地设有伤兵收容医院30余所。军法处负责搜捕共产党员，以及镇压帮助红军的进步人士和工农群众。
　　“别动队”，是“南昌行营剿匪军别动总队”的简称。由因“围剿”红军失败而逃散于社会上的出身于黄埔军校的中下级军官组成，是一支有多种技能的武装特务队伍。其任务是搜集、窃取红军和苏区的情报，逮捕国民党军的逃亡官兵，检查行旅及逮捕其认为可疑的人，监督国民党的邮电通讯，协助国民党“围剿”军正规部队对红军的作战。此外，“感化院”隶属于第二厅，是监禁革命群众、进步人士和共产党人的集中营，在九江设有“感化分院”。

另设有“习技所”，强迫被关押的人员在里面从事竹器、藤器和缝纫等繁重劳动.