抗日战争胜利后，国民党政府于1945年9月成立军政部海军处，12月改组为海军署，筹备重建海军。1946年5月，海军署扩编为海军总司令部，参谋总长陈诚兼总司令，桂永清任副总司令代总司令。在此期间，先后收缴侵华日军各型舰艇船舶1400艘，从日本本土分得降舰34艘；接受美国援助舰艇131艘，英国赠送舰艇11艘，经过甄选，保留大小舰艇420余艘，总排水量约19万吨，编入战斗序列275艘，官兵4万人，组建成海防第1舰队和第2舰队、江防舰队、运输舰队及10个炮艇队。并将全国沿海地区划分为4个海区，于榆林、左营、上海、青岛分别建立基地司令部，后改为海军军区。恢复海军陆战队建制，重建陆战队司令部，将3个陆战团扩编为2个陆战师。同期，在美国海军顾问团的协助下，于青岛设立中央海军训练团，着重加强接舰训练，后与上海海军军官学校合并为青岛海军军官学校，将军官训练集中于该校；士兵训练集中于海军军士学校；舰艇、军械制造及电工训练集中于海军机械学校。1946年，海军派舰艇收复东沙、西沙、中沙、南沙等南海诸岛。解放战争期间，海防舰队划区封锁龙口、烟台、威海、营口、渤海湾等沿海地带，控制庙岛列岛、长山群岛、荣成湾、莱州湾；破坏胶东解放区与辽东解放区间的海上交通，支援陆军进攻沿海各解放区的人民解放军。江防舰队则控制长江，妄图阻止人民解放军渡江南下。在此期间，“重庆”号巡洋舰等90余艘舰艇、3000余官兵起义，加入人民解放军。其余舰艇于沿海港口、岛屿解放之际，先后逃往台湾。

1912～1949年，民国海军从分裂到统一，从消亡到重建，历经兴衰曲折复杂的过程。广大海军官兵虽然满怀振兴海防之志，但各种政治势力竭力控制海军作为互相争战的工具，其发展基本处于停滞状态，在保卫海防和反侵略战争中，始终未能发挥重要作用。

为配合接舰事宜，美国派第七舰队总司令巴贝与蒋介石进行商讨，决定第一步自训练人才着手，培养能驾驶这些舰艇的海军军官。海军总司令陈绍宽与巴贝讨论决定，先在青岛成立中央海军训练团。

1945年12月18日，中央海军训练团在青岛正式成立，22日，在海阳路海军司令部举行成立典礼，参加受训官兵共236人，即日起开始正式训练。国民政府军政部海军处组长林祥光为主任，第一批两栖训练班美方总顾问由戚丁担任，之后美方总顾问为卡罗。

因为第一批赠舰是两栖登陆舰艇，所以训练团第一步训练目标即针对中国沿海登陆需要，在全国海军中挑选军官36名，士兵200名，美国派3艘坦克登陆舰为训练工具，主要是训练可驾驶并运用各种两栖舰艇的两栖海军官兵，历时一年零三个月。之后训练巡洋舰以下各种舰船的官兵，海军总司令部抽调曾在国内外海军学校毕业的军官及士兵，由海军总部分批调至中央海军训练团进行海军的各种专门技术训练。毕业后，由训练团会同美方参照各官兵阶级考核受训成绩及办事能力，分派职务，编配接收美国海军赠送的各种舰艇。

训练团与美方商定，初步计划在短期内训练能自行驾驶运用两栖舰艇技术的官兵，采取即训即练、即练即用的原则，短期之内使官兵能自行驾驶及保管两栖舰艇，能迅速担任内江沿海巡逻等任务。

训练方式采取美国战时迅速扩军训练大量官兵的办法，方式分为陆训、舰训两阶段。

第一步在陆上训练，陆上教室的配备仿照舰艇装设。陆训各科设有中美教官各一员，中美军士助教各数名。由美军提供教材，实地指导，教授方法，先讲授，后辅助以图表模型及电影等，然后实地练习，使士兵快速领悟新式器材的运用及理论。

陆上训练有枪炮班、航海班、信号班、船艺班、雷达班、电讯班、电机班、轮机班、修理小型船艇班、机械班等10部门，受训士兵根据体质智力的差异，分班训练，设备完全由美国海军顾问团设计及供应，美国最新登陆舰艇上的一切最新设备皆有，每班由美国海军军官及国民党海军军官12人担任教授。并放映海军教育影片，协助士兵的学习，提高他们的学习兴趣、理解力和记忆力。

第二步即舰上实习，最为关键，由美方提供战车登陆舰、中型登陆舰、步兵登陆艇等。教学方法采取由美方手把手教国民党官兵的教法。同时施以远航演习、海上实弹射击。

整个舰上训练过程中，美军都积极参与，由美首席顾问上校戚丁、卡罗等长期驻扎青岛，指挥设计一切陆上及海上训练。第一期，美军中校麦布来尔驻于1050舰，率领各美军军舰舰长，全面负责海上训练事项。训练团官兵上舰时，美军各舰舰长亲自设计每日训练课程。并且手把手传授，舰长教舰长，副长教副长，轮机长教轮机长，每个官兵教每个官兵。官兵上舰第一个月，先由美军舰长，率领受训官兵，巡视全舰上下一切装备，予以指导。第二个月起，又率各队官兵，巡视、指导舰上自驾驶台至船舱的各种机器。训练结束后，由美军舰长作报告。青岛市档案馆藏档案中有当时美军海军顾问团所做的英文课程、讲稿、训练计划等，内容主要涉及舰艇结构、舰上作业分工、美国海军组织等。

舰上训练后，再进行远航，往返福建、台湾等处，丰富海上经验。

训练团成立一周年时还特意树立了纪念碑，作为中国新海军创立的标志，蒋介石为周年纪念碑题词：“中华海军，继起多才，百年树人，值此始肇。”期望中央海军训练团能成为国民政府新海军的摇篮。

1947年开始，国民政府已有意将上海、重庆的海军学校迁往青岛，与中央海军训练团合并，统一海军军事教育的体制。1947年2月28日，《军民日报》载，“海军代总司令桂永清称：青岛为我国理想海军基地，最近将上海方面之中央海军军官学校迁往该处与训练团合并。”3月17日，桂永清为办理改组海军训练团与海军学校合并等事抵青。

1947年4月1日，上海的海军军官学校、重庆海军学校北迁青岛，与中央海军训练团正式合并，成立海军军官学校。首任校长由蒋介石自兼，副校长陈诚，教育长桂永清，副教育长魏济民。

1949年，国民政府节节撤退，于4月将海军军官学校南迁至厦门，9月再迁至我国的台湾。