1917年，孙中山领导护法战争，王安澜在枣阳大阜山竖旗招兵，称"鄂北靖国军"。马四处奔走，协助筹办军饷，并促使襄郧镇守使黎天才合编王部，共同护法。次年10月，去上海谒见孙中山，12月去日本东京，在"中华留日基督教青年会"工作。其间曾资助留日学生200余人，营救因声援"五四运动"而在日被捕学生数十人。1920年6月，赴蒙古考察，10月升任"青年会"主任干事。1922年初，受孙中山之召回国，3月到西安，秘密会晤冯玉祥，冯聘请其为名誉顾问，后经常来往于冯部。4月又会见胡景翼，晤谈中马问胡对孙中山的态度究意如何尹胡提笔写8个字:"人远心近，始终一致"。

1924年，冯玉祥发动北京政变，电请孙中山北上，并派马前往广州迎接。孙中山北上至天津，卧病床榻，马前往报告情况，孙于病床答日:"知之矣!你一定要去日本，须注意日本外交"。1925年5月，马由日返国，访问孙夫人宋床龄，孙夫人说:"已汇款3万元到上海购买药品，你到郑州找冯司令(冯玉祥)转达鄙意，倘西北军需此药品，我先将此项药品付给西北。"6月15日，马到郑州调和冯军与国民党关系时，转告孙夫人意见，冯深表感谢。此后，还以冯的名誉顾问身份，到南阳、邓县、襄阳等地，与方振武、孙连仲等军政要人会晤，宣传"宗教革命"思想。

1932年9月，回乡任枣阳县长，大力改革弊政，撤换县、区、乡三级政权中的豪绅分子;整编团防局为保安队，将全县团丁整编为六个中队，实行编制、粮饷、训练三统一，减轻群众负担多由省拨合作事业专款，群众自愿入股，在鹿头镇办起合作社，经营生活、生产必需品，抵制奸商垄断市场，将鹿头小学改名为"实业小学"，另办"实业中学"两班，实行中、小学合校，聘用外籍教师，讲授理化、农艺、卫生等课多学校办有织布厂、肥皂厂、农场，供学生实习。并动员婶母邱瑶洁捐资兴建15间砖木结构的校舍，题名为"忆亲堂"、"瑶洁堂"、"师生堂"。还倡议枣阳各界捐资兴办私立复兴初级中学一所，招生两班90名，自任该校董事长。同时，重视宣传新思想，惩恶治邪。凡群众检举告发盗、匪、淫烟、赌，霸绅等案件，及时查办，概不容情。由于遭地方旧势力和驻枣清乡军独立三十四旅旅长罗启疆反对，被迫离职，避居庐山。后至武昌任湖北省农村合作委员会委员兼干事长。不久，再渡日本任"青年会"干事。

"七七"事变前夕返乡，以200亩公学产建合作农场，开办初级实用农业中学，聘请郭正青为代理校长，自任董事长兼名誉校长。1938年，携眷到成都，后旅居香港。1939年4月13日因高血压病卒。

马生前书法秀劲，即在长途旅行中亦随身携带笔墨，每日就寝前，必用毛笔书写日记。在《新青年》8卷11期发表《湖北河南间底风俗》一文近万言，开头用一副对联"民犹是也国犹是也何须鼎革，总而言之统而言之不成东西"讥讽袁世凯、段祺瑞。1932年9月，马任枣阳县长时，写有《为宰十月记》、《枣阳县乡土志》，遗著还有《三十三年剩话》、《为宰三月记》、《我所知道的国民党革命军与国民党的合作史》。